ちょっと私自身勘違いしている部分があったんで。
(追記3/26 日本赤十字のホームページ情報などを元に作成したものです。本来の意味と違った解釈をしている部分があればご連絡ください。修正またはそのような話があるという点を追記します。)
義援金
今回の東北関東大震災義援金も含め、義援金は被災者に全額渡るモノです。
用意した口座に送金されたものは、すべて「義援金配分委員会」に送金されます。つまりはこの「義援金」のケースは日本赤十字社は受付の窓口の代行だけであって、「被災者に届けたい」という意味では一番趣旨にあった方法だと思います。基本的に専用口座に送金するか、寄付目的を(今回の場合だと)「東北関東大震災義援金」と記述(または選択)する事でこの方法で寄付が可能です。

救援金
被災者に直接渡らず、その災害の日本赤十字社または現地の赤十字の救援活動に対しての寄付です。
東北関東大震災に関しては、今のところ(日本赤十字社には)救援金口座は用意されていないようです。
主に、海外の災害の時などに開設されることが多いようです。
義援金と違って、「この活動に(資金的に)バックアップしたい」という場合に最適な方法です。寄付方法については義援金と同じで、専用口座に送金するか、寄付目的を「xx救援金」と記述(または選択)する事でこの寄付が可能です。

社費
日本赤十字社の活動そのものに対する寄付です。
ご存じの通り、日本赤十字社は災害時に支援を行ったり、献血ルーム、献血車の運営、赤十字病院の運営等様々な事業を行っており、もちろんその活動にもお金がかかります。
つまりは「日本赤十字社の日頃の活動に寄付をしたい」という人に最適な寄付です。
この寄付に関してだけ「毎月決まった金額を継続的に」口座振替で寄付するという制度があります。
どうやら、ネット上の専用フォームを使用して寄付をする場合に間違って「次月も継続的に寄付する」を選んでしまうと、ほかの寄付目的を選んでいてもこちらの方(事業費用)になってしまうようです。
あと、時々自治会のボランティアの方がお願いに回ったりする事もあるのもこの寄付ですね。

共通事項として、「税金の控除の対象になる」という事があるのですが、それはすでにみなさんご存じかとおもいます。
頭に入れていた方がよさそうな事としては、「被災者に直接渡るお金」と「赤十字の活動に使われるお金」は別に分けられているという点です。(ただし、NHKと年末に行われている海外たすけあい募金の場合は募金頂いた中の7%が領収書発行などの事務費として利用されているそうです。)

故に、一部に出回っている噂「義援金の一部が経費としてきえている」というのは、なにか別のモノと混同されているのではと私は思うのです。
まあ、具体的に活動内容を知っていて、安心してお願いできるNPOをご存じで無い場合は一番ベターな募金先だと思いますよ?